Azok az alkalmazások, amelyek Windows Vista alatt  működtek, azok Windows 7 alatt is fognak. Ebből az következhet, hogy azon szoftverek, amik már a Windows Vista esetében sem voltak hajlandóak elindulni, a Windows 7-es operációsrendszeren sem mennek majd, Az utóbbi kijelentés csak részben igaz, ugyanis a Microsoft nagy hangsúlyt fektet a Windows 7 esetében a lehető legjobb alkalmazás kompatibilitás biztosítására, így néhány olyan program is futhat majd az új operációsrendszeren, amelyek a Windows Vista esetében nem indultak el.
A Microsoft már gőzerővel dolgozik a kérdéses, zömében nemzetközi alkalmazásokkal kapcsolatos problémákon: jelenleg már 30 olyan szoftver van, amelyek Windows Vistán nem működtek, de a Windows 7-es verzióján el fognak indulni. A vállalat ezek közül néhány nem különösebben ismert alkalmazást nevezett meg: a spanyol nyelvű Ikea Home Kitchen Planner, a német nyelvű Quicktime és az arab Khalifa Cartoon Characters Creator már mind-mind kompatibilisek a Windows 7-tel. Remélhetőleg egyéb fontosabb programok is megkapják a Windows 7 alatti támogatást.
A szoftveróriás az új Windows verziók kiadásakor mindig kulcsfontosságú kérdésként kezelte a program kompatibilitást, ez a Windows Vista esetében kissé problémás volt, ugyanis a szoftver megjelenésekor számos szoftveres és hardveres probléma volt a rendszerrel, amelyek miatt egyes alkalmazások és hardver elemek nem megfelelően, vagy egyáltalán nem működtek.
A Windows 7 kiadásakor kevesebb kompatibilitásbeli probléma lesz, részbe azért, mert a Microsoft fejlesztőcsapata elkezdett dolgozni a kérdéses alkalmazásokkal kapcsolatos gondok megoldásán. A másik ok, amiért biztatóbbnak tűnik a rendszer az az, hogy az új szoftver esetében nem lesznek olyan, jelentősebb változtatások, amelyek inkompatibilitást okozhatnának. A Windows 7 a Microsoft állítása szerint inkább Windows 6.1-nek nevezhető technikailag, gyakorlatilag ezzel magyarázható a fenti pársoros okfejtés.
Annak ellenére, hogy a felhasználói programok többsége tökéletesen fut majd a Windows 7-tel, a Microsoft megjegyezte, hogy az olyan alkalmazások esetében, amelyek a rendszerhez szorosabban kapcsolódnak (például biztonságtechnikai alkalmazások, vírusirtók, tűzfalak), szükség lesz némi módosításra annak érdekében, hogy megfelelően, pontosabban hatékonyan működjenek Windows 7 alatt is. Ennek eredményeként a szoftverekből új verziók kerülhetnek forgalomba, speciálisan a Windows 7-hez.
Az új operációsrendszerrel kapcsolatos értékesítési stratégiáról nemrégiben jelentek meg információk.
