A Hayabusa–2 július 11-én közelítette meg újra a Ryugu aszteroidát, hogy a februári első mintagyűjtés után ezúttal az égitest mélyebb rétegeiből is beszerezzen egy kis anyagot. Ehhez áprilisban egy új krátert robbantott az égitest felszínére, majd a hónap elején az ebből kirepült anyaggal fedett részt célozta meg. Miután a lehető legjobban megközelítette a felszínt, egy csövet nyújtott ki, és azzal közvetlen közelről egy apró lövedéket lőtt bele az asztroidába, hogy az ez által felvert por egy része bejusson a nyitott mintagyűjtő tartályba.