A Valve Steam Deck kézi PC-je egy rendkívül izgalmas machina lesz technikai és szoftveres szinten, ezért a kompatibilitással kapcsolatban elég sok kérdés fel szokott merülni. A Steam Deck jelenleg, ha el akar indítani egy játékot, akkor mindig a Proton rétegen keresztül futtatja a Windows kiadást, holott előfordulhat, hogy van Linux változata az adott címnek.
Most viszont elkezdték tesztelni a natív Linux verziókat is, hogy megnézzék, milyen eredménnyel képesek futtatni a játékokat a konzolon, ha pedig ez meggyőző, akkor a Linux változat fog elindulni alapértelmezetten a Steam Decken.
A közösség számára a tapasztalt Linuxosok viszont javasolják, hogy ha lehetséges, akkor a Protont használják, mert sokszor előfordul, hogy a Linux változatból hiányoznak DLC-k vagy éppen javítások, amiket a Windows verzió megkapott. A Borderlands 2 például a Linux megjelenése ellenére nem kapott meg egy fontos DLC-t Linuxon.
Eközben pedig a Steam Decket sokan potenciális emulátor masinának látják, hogy a régi vagy éppen aktuális kézikonzolok játékait futassák rajta. A fenti képen látható, a Nintendo GameCube és Wii emulátorokra specializálódott Dolphinon ez nem fog múlni.
