Az XCOM fejlesztéséért felelős Firaxis úgy gondolta, hogy itt az ideje egy kicsit felzavarni az állóvizet és behozni egy új frakciót az XCOM világába. Az EXALT elnevezésű szervezet ténykedése gátolja az XCOM-ot abban az erőfeszítésében, hogy megnyugtassa a populációt és visszaverje a földönkívüli inváziót. A gaz EXALT saját érdekeit előrébb helyezi még az emberi faj túlélésénél is. Céljuk, hogy minél több földönkívüli technológiát szerezzenek meg és felturbózzák a saját képességeiket, hogy aztán a legyengült emberiség fölé kerekedjenek, amikor végre legyőzzük az UFO-kat.

Az Enemy Withinben az EXALT-nak már a világ minden pontján lesznek titkos cellái. Ha nem gyomláljuk ki őket időben, akkor az ügynökeik elkezdik terjeszteni a propaganda anyagaikat és növelik a pánik szintjét, elvágják a pénzforrásaitokat és meghackelik a kutatásaitokat (effektíve leállítják őket).

Az XCOM 'Intel Scan'-ekkel tud reagálni ezekre a támadásokra, így tudjuk majd felfedni a bázisaik helyét. Ezt követően odaküldhetünk egy saját ügynököt, hogy beépüljön közéjük, kis idővel ezután pedig megjelenik egy küldetés a szerv megtámadására. Minél több cellát rombolunk le, annál közelebb jutunk a szervezet főhadiszállásához, amit ha elérünk, akkor végleg lerombolhatjuk a szervezetet.

Az EXALT-os titkos bevetéseknek két fajtája van. A 'Covert Data Recovery' esetében egy taktikai fontosságú objektumot kell megvédeni az EXALT-os hack próbálkozások ellenében (King of the Hill típusú küldi). A 'Covert Extraction' egy VIP küldetés, a VIP egy katona akinek meg kell hackelnie két EXALT kommunikációs bázist (comm array), mielőtt elhagyná a terepet. Ananda Gupta elmondása szerint nem keveset dolgozott a tervező csapat, hogy több térképpel is kompatibilissé tegye ezeket a küldetés típusokat, mindkét típusból van 10 féle. (Eredetileg 1 típus szerepelt a tervben és abból is csak 8 lett volna.)