A Ninja Gaiden 3 megmutatja főhőse, Ryu Hayabusa érzelmes oldalát is. A Team Ninja bevezeti azt a koncepciót, miszerint tetteinek következményei is vannak. Ryu pengéjének áldozata gyakran fognak haláluk előtt kegyelemért könyörögni a játékosnak, hogy hagyja meg életüket.
Lesznek olyan részek is, melyek még mélyebben belevágnak a témába. A kibővített demóban láthattunk egy jelenetet, amely a londoni Downing Streeten játszódott: az áldozat, akihez Ryu lassan közeledett, erőltetett londoni kiejtéssel elmondta, hogy családos ember, és nem szabadott volna elvállalnia ezt a veszélyes biztonsági őr munkát.
Yosuke Hayashi megvédte ezt a koncepciót, amikor arról kérdezték, hogyan egyeztethető ez össze Ninja Gaidenben szereplő stilizált erőszakkal. Elmondta, hogy megmaradnak az eddig megszokott gyilkolós stílusnál, de a legfontosabb, amit szeretnénk bemutatni az, amit ő a "maszk levételének" nevez. Ez a metafora arról szól, hogy a főhős leveszi a gyilkos álarcát, és megláthatjuk az emberi oldalát is, megtudhatjuk, mit érez, és mik azok a következmények, melyekkel tettei nyomán szembesülnie kell.
A brutális nehézségéről ismert Ninja Gaiden sorozat harmadik részében újdonságként szerepel az easy mode is, amelyben a főhős automatán védekezik és tér ki a támadások elől.
"A nehézség a régi játékok alapját jelentette" – nyilatkozta Hayashi -, "ezt meg akartuk tartani, ugyanakkor meg akartuk mutatni, hogy a Ninja Gaiden nemcsak erről szól. Szeretnénk, ha szélesebb rétegekhez is eljutna, ugyanakkor a régi játékosok kedvéért megtartjuk a keményebb nehézségi fokozatokat is."
