A Steam Deck egyedi Linux alapú operációs rendszerrel fog érkezni, amit a Valve úgy optimalizált, hogy a lehető legjobban működtesse a mobilhardveren futó játékokat. Sok Steames játék viszont sosem jelent meg Linuxra, így bár a Valve a bejelentés óta 100%-ig bizonyossággal állítja, hogy minden Steames játék futni fog az eszközön, sokan kételkednek ebben.
Az egyik ok a kétkedésre az, hogy a csalásvédelmi rendszerek nem szeretik, ha bármilyen háttérprogram fut, ami befolyásolja egy játék működését, márpedig a kompatibilitásért felelős Proton és Wine ilyen eszközök. A BattlEye és az Easy Anti-Cheat bizonyos fejlesztői oldali beállítások mellett eddig nem igazán kedvelte ezeket a kompatibilitási rétegeket, de ezzel sem lesz elvileg többé probléma. A BattlEye és az Epic Games birtokában lévő Easy Anti-Cheat is bejelentette, hogy rajtuk nem fog múlni egyetlen játék működése sem a Steam Decken, támogatják az eszközt.
Az első Steam Deck eszközök december környékén fognak befutni, ha most rendelnéd elő a kézi konzol PC-re, akkor valamikor jövő nyárra várható a saját példányod érkezése.
