Az Assassin’s Creed Shadows a megjelenése óta kapja a kritikákat. A játék megjelenése még odébb van, de már sokan megalkották saját véleményüket a játékról.

Az elsődleges vita forrása az, hogy a Ubisoft a főszereplő fekete bőrű karakter Yasukét Nyugaton bizonyítottan élt szamurájként próbálja marketingelni, holott nincs semmilyen hiteles történelmi bizonyíték az adott korból, ami alapján megállapítható lenne, hogy a rabszolgasorból felemelt ember valóban szamuráj rangot kapott volna, nem csak testőr volt. Az, hogy a játék egyik főszereplője az Assassin’s Creed játékok történelmében első alkalommal nem helyi, valóban az adott korszakra karakter, hanem egy pár évig Japánban élő idegen milyen hatással lesz az eladásokra, az még kérdéses, ám vannak olyan problémák is a játék körül, amik valódi jogi következménnyel is járhatnak a Ubisoft hibái miatt. 

A Ubisoft kanadai munkatársai biztosan sok kutatást végeztek el a korral kapcsolatban, bár a fókusz valószínűleg a konfuciánus tanítások politikailag korrekt értelmezésén és a Wikipédia oldalak folyamatos átírásán lehetett, mintsem a felhasznált művészeti anyagok átvizsgálásán. A Ubisoft egy önkéntes hagyományőrző csoport zászlaját kezdte el használni engedély nélkül a játék több koncepciós rajzán, és a gyűjtői kiadáson.  

A zászlót használó hagyományőrző csapat egyből bejelentette, hogy jogi lépéseket tesz a Ubisoft ellen, ám úgy tűnik, hogy idővel sikerült rendezniük a kérdést, a Ubisoft ugyanis nyilvánosan is bocsánatot kért az engedély nélkül használt zászló miatt. 

A zászlót a Ubisoft nem fogja a jövőben használni, ám a gyűjtői példányba szánt könyvből már nem tudják kivenni ezt. 

A Ubisoft több hibát is vétett a Shadows marketing anyagai közben, eleve rossz családnak a logóját tették a gyűjtői kiadás szobrára, de a tartalomgyártóknak szánt ajándék dobozra is rosszul írták fel a kandzsikat.