Annak idején, mikor még Project T1 néven futott a The Last of Us, egészen más volt a forgatókönyvében, mint a végül kiadásra került verziónak. Neil Druckmann, a játék rendezője, a PAX Prime-on részletesen elmesélte az eredeti sztorit (vigyázat, bár ez alternatív sztori, spoileres lehet az eredetire!).

Az eleje nagyjából ugyanaz volt, a dolgok akkor vettek egész más irányt, amikor a három főszereplő, Joel, Ellie és Tess csapatát megállították a határon mászkáló járőrők. Eredetileg egy doktor is volt a csoportban, akit a kislánnyal együtt próbáltak kicsempészni. A járőrcsapat egyik tagja, Tess bátyja éppen el akarta őket engedni, amikor a szkenner fertőzést jelzett Ellie-nél. Ekkor Joelnál felszínre tört a fájdalmas emlék, ahogy a saját lányát éppen így mészárolták le előtte. Ezek után nem tudta megőrizni a hidegvérét, megölte az őrt és tűzharc tört ki, ami végül Tess testvérének a halálához vezet. A nő úgy érezte Joel és Ellie elárulta őt és bosszút esküdött...

Később, útközben a doktor is meghalt, de előtte elmagyarázza Joelnak, hogy a Ellie immunis a kórra és mindenképp el kell juttatni őt egy orvosi létesítménybe, ahol visszafejthetik a lány antitesteiből a betegség ellenszerét. Kalandjaik során elmenekülnek egy égő épületből (az ötlet hamarabb megvolt nekik, mint az Uncharted 3-as csapatnak, jegyezte meg Druckmann), csatlakoznak egy túlélő csoporthoz, akikkel részt vesznek egy nagy összecsapásban is a fertőzöttek ellen, amikor azok lerohanják őket. Még egy kutyát is magukhoz vesznek, már csak azért is, hogy legalább egyszer kapjon komolyabb szerepet egy kutya Naughty Dog játékban.

Ha már itt tartunk, az eredeti ötlet alapján a gombafertőzés állatokat is megtámadott volna, de ezt az ötletet is kukázták végül.

Ezt követően nagyjából ugyanaz történik, amíg ketten kalandoznak, egészen a végéig. Eredetileg itt Joel leadta volna Ellie-t egy kórház szerűségben, ahol az orvos félrehúzza a férfit és odasúgja neki, hogy "ez komplikált". A következő jelenet már az, hogy Joel elkormányozza a kocsit az eszméletlen kislánnyal a hátsó ülésen. Ellie felébred és elkezdenek azon veszekedni, hogy vissza kellene menniük, aztán bammm. A kocsijukba belehajt Tess.

A nő és a bandája foglyul ejtik a duót, majd Tess azzal fenyeget, hogy a szeme láttára gyilkolja le Ellie-t, de az ügyes tinédzser kiszabadul, ellopja Tess kocsiját és visszamenekül a klinikára. Eközben Tess kínozza Joel-t és ekkor, visszaemlékezés formájában kapjuk meg a kórháznál kimaradt jelenetet. Ez mind átvezetőben történik, láthatjuk, Joel mit meg nem tett, hogy megmentse a kislányt. Majd a kép visszavált Ellie-re, aki képtelen Joel-t faképnél hagyni és visszafordul (jobb is, mert legyilkolt dokikat talált volna csak), egyenesen Tess "kínzókunyhójához" és megmenti a férfit.

Végül ketten együtt új életet kezdenek, úgy, hogy Ellie-nek gőze sem lesz arról Joel mit tett. Ebből a verzióból alakult ki a végső változat, a többit pedig már tudjátok.