A második mintagyűjtés eleve kérdéses volt, mivel a Ryugu megközelítése komoly veszélyeket hordoz, és az űreszköz elvesztésével a februárban begyűjtött minták is odavesznének, amelyeket pedig szeretnének visszajuttatni a Földre. Az irányítók végül azonban úgy döntöttek, hogy előkészítik az újabb mintagyűjtő akciót, így a Hayabusa2 május közepén elkezdett leereszkedni a célterületre, hogy oda egy „jelzőbóját” dobjon ki, amely megkönnyíti a művelet későbbi szakaszát.
Ez a bója egy fényvisszaverő labda, amely az aszteroida körüli közeli manőverezéskor könnyebbé teszi a tájékozódást, például a magasság meghatározását. A bóját a tervek szerint május 16-án bocsátotta volna ki az űrszonda 10 méterrel a célterület felett, amely az áprilisban robbantott kráter közvetlen közelében került kijelölésre, így remélhetőleg a kráterből kidobódott anyaggal van borítva.
Az ereszkedés során minden rendben ment, a szonda szokás szerint küldözgette a képeket, aztán 50 méteres magasságban az ereszkedés automatikusan leállt, és a Hayabusa2 újra emelkedni kezdett. A rendelkezésre álló adatok alapján a szonda rendszerei rendben vannak, és egyelőre nem tudni mi történt. Hasonló visszafordulása egyszer már volt példa, tavaly szeptemberben az elsőmintagyűjtés egyik főpróbája során szintén magától emelkedni kezdett az űreszköz. Akkor az volt a probléma, hogy a fedélzeti LIDAR az aszteroida alacsony reflektivitása miatt nem tudta meghatározni a saját magasságát, így inkább visszafordult.
Ezt a problémát végül sikerült megoldani, most azonban gondot jelent, hogy a Ryugu egyre közelebb kerül a Naphoz, így a hőmérséklet meredeken emelkedik a felszínén. Júliusra 100 °C-os lehet a felszín, ami viszont már túl forró a megközelítéshez. A Hayabusa2-nek tehát másfél hónapja maradt a mintagyűjtésre, azt követően ugyanis megközelíthetetlenné válik számára az égitest. November-december táján pedig vissza kell indulnia a Föld irányába ahhoz, hogy a mintát biztonságban hazajuttassa.
