A csokoládé és a kakaó a termesztett kakaófa terméséből készül: a kakaóbabot erjesztik, majd kiszárítják, végül megpörkölik. A magokból kisajtolt anyag a kakaóvaj, ebből készül a csokoládé, a maradványokból kakaóport készítenek.
Egészen a közelmúltig úgy tűnt, hogy a növény háziasítása és a csokikészítés Közép-Amerikában kezdődött meg nagyjából 3900 évvel ezelőtt. Egy nemzetközi kutatócsoport azonban nemrégiben bizonyítékokat talált arra, hogy a közkedvelt édesség eredete ennél sokkal régebbre, 5500 évvel ezelőttre nyúlik vissza. Az első kakaószármazékokat ráadásul az új információk alapján nem is Közép-Amerikában, hanem Dél-Amerikában, az Amazonas felső folyásánál készítették.
A szakértők a Santa Ana (La Florida) nevű ecuadori lelőhelyről származó 5300–5400 éves cserép- és kőedényeken vizsgálták az azokban található keményítőszemcséket és egyéb szerves maradványokat. Így derült ki, hogy az edények egykor mind a termesztett kakaóval, mind annak vad változatának származékaival érintkeztek. Vagyis úgy tűnik, hogy a helyi közösségek már jóval a közép-amerikai népek előtt megkezdték a kakaó felhasználását. Ami annyiból nem meglepő, hogy a területen élők ma is nagyon sokféle formában fogyasztják a termesztett és a vad kakaót is, mondják a szakértők.
A lelőhely, ahonnan a korai kakaómaradványok előkerültek, a legkorábbi ismert bizonyíték a Mayo-Chinchipe-kultúra létezésére, amely a mai Ecuador és Peru hegyei közt terjeszkedett. A területet 2002-ben kezdték feltárni, és a régészeti adatok alapján az egykor itt élt emberek kiterjedt kereskedelmi tevékenységet folytattak a környékbeli más népcsoportokkal, így az is lehetséges, hogy kakaóval is üzleteltek.
A vizsgált szerves maradványok genetikai elemzése is alátámasztja, hogy a kakaó háziasítása már ekkor, több mint 5000 éve megkezdődött. A DNS alapján ráadásul az ősi kakaófák közelebbi rokonságban álltak a korai közép-amerikai fajtákkal, mint a ma a környéken termesztett kakaóval. Ami szintén azt sugallja, hogy a kakaó termesztése Dél-Amerikából terjedt el Közép-Amerika felé.
Az 5 évezreddel ezelőtti ecuadori kakaó persze valószínűleg nem sokban hasonlított a mai kakaóból készült termékekre. Egyelőre az sem világos, hogy a Mayo-Chinchipe-kultúra képviselői pontosan milyen formában fogyasztották a kakaót (valószínűleg elsősorban italként, ahogy később a maják, az aztékok és az inkák), de a maradványok alapján úgy tűnik, hogy a növény termését a mindennapokban és rituális alkalmakkor egyaránt használták.