Az ostor (flagellum) a baktériumok egyik legérdekesebb, de mostanáig legkevésbé vizsgált szerve. Segítségével az egysejtűek képesek előre hajtani magukat, és különösen izgalmas ebben a nyúlványban, hogy meghajtás a sejtszervecske kicsit megtévesztő nevével ellentétben nem csapkodással zajlik. Az ostor valójában úgy működik, mint egy propeller: a sejtfelszínbe ágyazva az óramutató járásával egyező vagy azzal ellentétes irányba forog, és így hajtja előre a baktériumot.

Ahogy a mellékelt képeken látszik, a mikrobák nagyon különböző méretű, alakú és teljesítményű motorokat használnak. Ez a sokféleség annak köszönhető, hogy az összetett szerkezet egymástól függetlenül több fejlődési vonalon is kialakult. Ami egyben az is jelenti a szakértők elmondása szerint, hogy ezek a propellerek nem a legfőbb érvet, hanem éppen a legfontosabb ellenérvet jelenthetik a kreacionista intelligens tervezés elméletével szemben.

A flagellinekből álló ostort gyűrűszerű szerkezetek segítségével pörgeti a baktérium. A forgatónyomaték nagysága a gyűrűk számától és elrendezésétől függ. A Campylobacter nemzetség tagjai például olyan erős motorral rendelkeznek, hogy ostoruk révén képesek magukat belefúrni a bélfalba, hogy aztán súlyos ételmérgezést okozzanak. Ez utóbbi baktériumok fehérjemotorja majdnem kétszer annyi gyűrűből áll, mint a szalmonella kórokozójának hasonló szerkezete, és maguk a gyűrűk is nagyobb átmérőjűek, így nagyobb forgatónyomaték kiváltását teszik lehetővé.

A bakteriális motorok szerkezete a kutatók reményei szerint fontos támpontot jelenthet a nanorobotok meghajtásának tervezésekor. Ezen túl az új információk olyan antibiotikumok kifejlesztéséhez is vezethetnek, amelyek a mikrobák ostorát veszik célba, így téve különbséget az eltérő baktériumok között.