Az Assassin’s Creed: Unity számos ponton változtatta meg az irányítást a korábbi részekhez képest. Erre szükség is volt, hiszen a sorozatban először lehetett bemenni az épületek belsejébe, továbbá megjelent az újfajta lopakodás is. Azonban mindkettő problémásnak bizonyult: az ablakokon bemászni sokszor felért egy rémálommal, az épületek belsejében pedig a főszereplő gyakorlatilag átmászott mindenen, amin a játékos nem is akart, mert a karakter túlságosan "ragadt" a különböző objektumokhoz.

A Ubisoft mindkettőn igyekszik jelentősen javítani a Syndicate esetében. Elmondásuk szerint a játékosok sokkal szabadabban mozoghatnak majd, könnyebben jutnak be az ablakokon, és a lopakodáshoz nem szükséges "odaragadni" a különböző berendezési tárgyakhoz. Sokkal inkább arra kerül a hangsúly, hogy hova akar eljutni a játékos.

A városon belüli navigációt pedig megkönnyíti majd a kampós kötél, amivel egyszerűbben emelkedhetünk fel a magasságokba. Sok rajongónak ez viszont nem tetszett, úgy gondolták, hogy ezzel kevesebb hangsúlyt kap majd a sorozatra jellemző mászás. Marc-Alexis Côté, a Syndicate kreatív igazgatója elmondta, ez egy szükséges változtatás volt, London ugyanis jelentősen eltér majd a sorozat korábbi városaitól. "Az utcák jóval szélesebbek, és mivel átléptünk a modern korba, az épületek sokkal magasabbak. Ebben a részben lesznek a legmagasabb épületek a sorozatban."

Côté hozzá tette, az évek során azt tapasztalták, hogy a játékosok annál inkább élvezik az Assassin's Creedet, minél hamarabb jutnak fel a házak tetejére, így ezt meg akarták könnyíteni.